建立单生胆固症患者分子诊断
识别已知与原生单生胆固症关联的基因变量,允许预测测试有风险家属
本测试使用下一代排序检测112个基因单核素和拷贝变异ABCB11, ABCB4, ABCC2, ABCG5, ABCG8, ABHD5, ACOX1, AGL, AGPAT2, AKR1D1, ALDOA ,ALDOB, AMACR, ARSB, ASAH1, ATP8B1, BAAT, BSCL2, CAVIN1, CC2D2A, CIDEC, CLDN1, CFTR, CYP27A1, CYP7A1, CYP7B1, DCDC2, DGUOK, DHCR7, EHHADH, FAH, FBP1, FUCA1, G6PC, GAA, GALNS, GBA, GBE1, GLB1, GNE, GNPTAB, GNS, GUSB, HADHA, HGSNAT, HNF1B, HSD17B4, HSD3B7, IDS, IDUA, INVS, JAG1, KCNH1, LIPA, MAN2B1, MKS1, MPV17, MVK, NAGLU, NEU1, NOTCH2, NPC1, NPC2, NPHP1, NPHP3, NPHP4, NR1H4, PEPD, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PHKA2, PHKB, PHKG2, PKHD1, PNPLA2, POLG, PRKAG2, PSAP, PYGL, SCP2, SERPINA1, SGSH, SLC10A1, SLC10A2, SLC17A5, SLC25A13, SLC27A5, SLC37A4, SLC7A7, SMPD1, SUMF1, TALDO1, TJP2, TMEM216, TRIM37, TRMU, UGT1A1, VIPAS39, VPS33A,并VPS33B看吧CholestasisGene定向基因方法细节方法描述补充细节
识别致病变异物可能有助于诊断、预测、临床管理、家庭筛选和遗传咨询导致初级单生孔塞多因子胆固症风险算法不报告,除非另有请求
测试i | 报表名称 | 单独可用 | 一贯性能 |
---|---|---|---|
CULFB | Fibrolat基因测试文化 | 对 | 号 |
皮肤活性分解分解标本将添加纤维分解文化附加电荷如果不能获取可行单元格,客户端会得到通知
序列抓取和定向下一序次排序后继聚合物链响应和Sanger定序
extGen定序测试
Cholestas
递进家庭内胆固症
ALAGILE综合症
Alpha1抗星素缺陷
Citruli
遗传缺陷微酸合成
家庭超血压
新生儿四叉症杂交综合症
克里格勒-纳贾尔音频
Gilbert综合症
皮肤活性分解分解标本将添加纤维分解文化附加电荷如果不能获取可行单元格,客户端会得到通知
变迁
自定义面板和单基因分析更多资料见CGPH/自定义Gene面板、推理学、下一序号、Varies
病人准备:原骨髓移植自配方会干扰测试电话800-533-1710测试接受骨髓移植的病人指令
仅提交下列标本中的 1
特征类型 :全血
容器/图贝:
首选 :淡顶部或黄顶
可接受性:任何抗coaplan
样本量 :3mL
集合指令 :
开工多次反转混合血液
二叉发送全血液标本原型管非liquot
特征稳定信息安倍4天/冷冻14天
特征类型 :皮肤活检
用品:Fibroblast生物感知传输介质(T115)
容器/图贝:静态容器使用标准细胞培养介质(例如最小基本介质RPMI1640)。解决方案应补充1%penicillin和steptomycin
样本量 :4毫米打孔
特征稳定信息Refrigerated (preferred)/Ambient
附加信息CULFB/Fiblast文化生物化学测试或分子测试3至4周后才能进行基因测试
样板类型:culatedfroblast
容器/管道T-25瓶
样板卷积二叉
集合式指令发布:从另一个实验室的皮肤活检中提交可分解分解分解分解细胞从产前标本培养出细胞不被接受
特征稳定信息ient/refricate (<24小时)
附加信息 :CULFB/Fiblast文化生物化学测试或分子测试3至4周后才能进行基因测试
特征类型:血迹
用品:Card-Blood点记收集器(Filter纸张)(T493)
容器/管道:
首选集合卡
可接受性Perkinelmer226(前Ahlstrom226)滤纸或血迹采集卡
样本卷5血点
集合指令:
开工取血选择一岁或以上病人使用指针看吧如何收集干血迹样本通过指尖
二叉使滤镜上血液干燥环境温度 水平定位最少3小时
3级不暴露标本热或直接阳光
4级不栈湿标本
5级保持标本干
特征稳定信息Ambient (preferred)/Refrigerated
附加信息 :
开工低浓度脱氧核糖核酸取自血点,可能要求更多样本完成测试
二叉集合指令见血迹收集指令
3级西班牙文集合指令见血迹收集卡-西班牙指令777
4级中文集合指令见血迹收集卡指令(T800)
特征类型 :萨利瓦
病人准备:病人在收集前30分钟不应吃、喝、吸或嚼口香糖
用品:Saliva Swab集合包(T786)
样本量 :1 Swab
集合指令 :收集并发送样本按装箱指令
特征稳定信息环形30天
附加信息 :低浓度脱氧核糖核酸从唾液中产生,可能需要更多样本来完成测试
血迹:1m血迹二分皮肤生物检测、培养型纤维裂变或唾液:见Specimen必备
特征类型 | 温度学 | 时间轴 | 专用容器 |
---|---|---|---|
变迁 | 变迁 |
建立单生胆固症患者分子诊断
识别已知与原生单生胆固症关联的基因变量,允许预测测试有风险家属
本测试使用下一代排序检测112个基因单核素和拷贝变异ABCB11, ABCB4, ABCC2, ABCG5, ABCG8, ABHD5, ACOX1, AGL, AGPAT2, AKR1D1, ALDOA ,ALDOB, AMACR, ARSB, ASAH1, ATP8B1, BAAT, BSCL2, CAVIN1, CC2D2A, CIDEC, CLDN1, CFTR, CYP27A1, CYP7A1, CYP7B1, DCDC2, DGUOK, DHCR7, EHHADH, FAH, FBP1, FUCA1, G6PC, GAA, GALNS, GBA, GBE1, GLB1, GNE, GNPTAB, GNS, GUSB, HADHA, HGSNAT, HNF1B, HSD17B4, HSD3B7, IDS, IDUA, INVS, JAG1, KCNH1, LIPA, MAN2B1, MKS1, MPV17, MVK, NAGLU, NEU1, NOTCH2, NPC1, NPC2, NPHP1, NPHP3, NPHP4, NR1H4, PEPD, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PHKA2, PHKB, PHKG2, PKHD1, PNPLA2, POLG, PRKAG2, PSAP, PYGL, SCP2, SERPINA1, SGSH, SLC10A1, SLC10A2, SLC17A5, SLC25A13, SLC27A5, SLC37A4, SLC7A7, SMPD1, SUMF1, TALDO1, TJP2, TMEM216, TRIM37, TRMU, UGT1A1, VIPAS39, VPS33A,并VPS33B看吧CholestasisGene定向基因方法细节方法描述补充细节
识别致病变异物可能有助于诊断、预测、临床管理、家庭筛选和遗传咨询导致初级单生孔塞多因子胆固症风险算法不报告,除非另有请求
皮肤活性分解分解标本将添加纤维分解文化附加电荷如果不能获取可行单元格,客户端会得到通知
Cholestasis减少或阻塞易碎流,结果产生黄极、普里图斯、hepomegly和spleomalyCholestasis可因累进式家庭内胆固症或因各种基因失常引起多系统疾病的若干症状之一而成为初级临床症状多表孔因风险异端和环境环境而发生多因子生成本面板并不打算诊断多因子胆固症,除非请求,否则不报告风险相关词源
PIFC是由易分解或运输缺陷引起的一组失序,导致婴儿或童年内囊肿5类PIFC定义:FIC1TP8B1PIFC2ABCB11PIFC3ABCB4PIFC4TJP2PIFC5NR1H4基因问题)PIFCs1、2和4均温高伽马基转用PFC3结果血清提高GGT,PFC5产生低到正常GGT水平
PIFC2最常用类型对有胆固症的婴儿和儿童的研究表明12%-13%有分子确认PFC疾病增量导致肝衰竭和肝细胞癌肝移植有效处理,尽管多系统化PIFC1比其他类型无效高死亡率高,87%未处理PIFC患者无法生存
各种其他遗传失常还可能导致胆固症,如Alagille综合症(Alagille综合症)(Alagille综合症)。JAG1并NOCH2基因类,alpha-I-antistrypsin缺陷SERPINA1遗传性机能失常和胆固综合症VPS33B并VIPAS39遗传学类SLC25A13原创缺陷bileathy合成HSD3B7并AKR1D遗传学高血压巴特遗传性脑膜炎综合症N1和Crigler-Najjar综合症类型I或II或Gilbert综合症UGT1A)复元失序PEX系统基因类和线粒体失常可包括囊性肝病等特征
综合基因板快速可靠一级测试,为单生胆固症患者诊断
提供解析报告
检测到的所有变异都根据美国医学遗传学和基因组学院建议评价。 (1) 变异按已知性、预测性或可能的致病性分类,并用解释性评论报告,详细说明其潜在或已知意义
临床关联度 :
测试结果应结合临床发现、家庭历史和其他实验室数据理解信息不准确或不完整时,结果误解可能发生
如果测试是由于临床上意义重大的家族历史完成的,则通常宜先测试受影响的家庭成员检测受影响家庭成员中至少一个可报告变异可允许对风险个人作更多信息测试
betway中国版讨论额外测试选项可用性或帮助解释这些结果时,联系maio诊所遗传咨询师800-533-1710
技术约束
下一代测序可能检测不到所有类型基因组变异稀有案例可能出现假阴性或假阳性结果深度覆盖对目标区域可变性分析性能低于最低可接受标准或失灵区域基于这些限制,负结果并不排除诊断遗传失序疑似特定临床失序时,可考虑替代方法评价
可能有些区域基因无法通过排序或删除和重复分析有效评价,这些区域包括同族学区域、高抗量子素内容区和重复序列选择可报告变异性确认工作将以内部实验室标准为基础用替代方法完成
测试验证95%删除至75基对并插入至47b卸载插入量40分或40分以上,包括移动元插入量,可能比小deins更难可靠检测
删除/重复分析 :
本分析目标单倍删除/重复然而,在某些情况下单前解法无法实现,原因是单次减少序列覆盖或固有基因组复杂性平衡结构重排列(如移位和反转等)可能检测不到
本测试设计不是为了检测低层次马赛斯或区分声波变异和子波变异万一检测到的变异体可能有体性,可能需要额外测试以澄清结果意义
基因可基于更新临床关联性增删参考CholestasisGene定向基因方法细节最新基因列表有关基因特效和技术约束的详细信息见方法描述或联系实验室遗传咨询师
如果病人有异构干细胞移植或最近输血,结果可能不准确,因为有捐献式脱氧核糖核酸betway中国版调用mao诊所实验室指令测试接受骨髓移植的病人
变式重新分类
此时,实验室系统审查先前分类变异非标准做法实验室鼓励保健提供者随时联系实验室学习特定变异分类如何随时间变化
变式评价
变异评价和分类使用已出版的美国医学遗传学和基因学学院和分子病理学建议协会指南来进行。变量根据已知性、预测性或可能的致病性分类并用解释性注释报告,详细说明其潜在或已知意义分类为良性或似良性变量不报告
多线程评价工具可用于帮助解释这些结果硅评价工具预测精度高度依赖特定基因可用数据,定期更新这些工具可能导致预测随时间变化silco评价工具结果应谨慎解读和专业临床判断
开工理查斯S、AzizN和BaleS等:解释序列变异的标准和指南:美国医学遗传学和基因组学学院和分子病理学协会联合协商一致建议基因医疗2015年5月17(5):405-424
二叉BakerA、KerkarN、TodorovaL等系统审查家庭内渐增胆固ClinResHepatol气管2019;43(1):20-36
3级Chowdhury J、WarkoffAW、ChowdhuryN、AriasIM:遗传黄寄和bilrubin新陈代谢失序ValleD,Antonarakissss,BallabioA,BeaudetA,MitchellGA编辑在线代谢和分子继承疾病基础麦格劳海尔2019存取日期为2022年9月8日Available at http://ommbid.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2709§ionid=225541453
下一代测序和/或Sanger测序测试变量在编码区和经分析基因异次/Exron/ex人类基因组参考GRCh37/hg19构建用于序列阅读对齐至少有99%的基底覆盖深度超过30X单核变异估计感知度99%以上,删除插入值94%以上小于40基对bgs和/或聚合物链反射量化法测试所分析基因中是否存在删除和复制
可能有些区域基因无法通过排序或删除和重复分析有效评价,这些区域包括同族学区域、高抗量子素内容区和重复序列看吧CholestasisGene定向基因方法细节详细分析目标基因和未例行覆盖的具体基因区域
Genes分析ABCB11, ABCB4, ABCC2 ,ABCG5, ABCG8, ABHD5, ACOX1, AGL, AGPAT2, AKR1D1, ALDOA ,ALDOB, AMACR, ARSB, ASAH1, ATP8B1, BAAT, BSCL2, CAVIN1 ,CC2D2A, CIDEC, CLDN1, CFTR, CYP27A1, CYP7A1, CYP7B1, DCDC2, DGUOK, DHCR7, EHHADH, FAH, FBP1, FUCA1, G6PC, GAA, GALNS, GBA, GBE1, GLB1, GNE, GNPTAB,GNS, GUSB, HADHA, HGSNAT, HNF1B, HSD17B4, HSD3B7, IDS, IDUA, INVS, JAG1, KCNH1, LIPA, MAN2B1, MKS1, MPV17, MVK, NAGLU, NEU1, NOTCH2, NPC1, NPC2, NPHP1, NPHP3, NPHP4, NR1H4, PEPD, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PHKA2, PHKB, PHKG2, PKHD1, PNPLA2, POLG, PRKAG2, PSAP, PYGL, SCP2, SERPINA1, SGSH, SLC10A1, SLC10A2, SLC17A5, SLC25A13, SLC27A5, SLC37A4, SLC7A7, SMPD1, SUMF1, TALDO1, TJP2, TMEM216, TRIM37, TRMU, UGT1A1, VIPAS39, VPS33A,并VPS33B.
变迁
测试开发完成,性能特征由maioClinic以符合CLIA要求的方式确定测试未经美国食品药管局审核或批准
81443
88233-Tisse培养、皮肤、固组织生物检测
88240-Cryop保留
测试i | 测试顺序名 | 指令LOINC值 |
---|---|---|
CHLGP | Cholestasis基因板 | 进程内 |
结果Id | 测试结果名 | 结果LOINC值
仅适用于执行实验室最初报告的单位计量结果值并不适用于转换为其他度量单位的结果
|
---|---|---|
608620 | 测试描述 | 62364-5 |
608621 | 样板 | 3208-2 |
608622 | 源码 | 3208-2 |
608623 | 结果汇总 | 50397-9 |
608624 | 结果 | 82939-0 |
608625 | 传译 | 69047-9 |
608626 | 资源类 | 99622-3 |
608627 | 附加信息 | 48767-8 |
608628 | 方法论 | 850693 |
608629 | Genes解析 | 48018-6 |
608630 | 免责声明 | 62364-5 |
608631 | 发布方式 | 18771-6 |