检测并识别细菌(包括近效菌)正常无菌源,包括新流水体液如胸膜液、腹膜液和腹膜液和新式固定对称组织
本测试不推荐测试解药,因为核酸在成功处理后可能持续较长时间
测试用于检测和识别通常不育标本中的细菌(包括近效菌类)。
最优测试环境是细菌(包括近效菌)在样本中可视化,但其他实验室方法未能产生诊断结果
| 测试i | 报表名称 | 单独可用 | 一贯性能 |
|---|---|---|---|
| ISBA | 细菌标识语义 | 否, | 号 |
| ISNSS | 代名词代名词 | 否, | 号 |
| spid2 | 样本识别PCR | 否, | 号 |
| CSFME | 脑炎分类板PCR | 对 | 号 |
聚合物链反射测试为负数,不测序,测试结果为负数
如果PCR测试为阳性,则测序执行强正结果先提交Sanger测序,四天内产生结果弱阳性结果或混合Sanger排序结果提交下一代排序
算法可用性如下:
16S波段RNA基因聚合链响应
16S RRNA基因排序
细菌排序
广范围
广域
16S
广度
Mycobactria
mycocistic
串行RNA
RRNA系统
顺序排列
下一代顺序
NGS系统
聚合物链反射测试为负数,不测序,测试结果为负数
如果PCR测试为阳性,则测序执行强正结果先提交Sanger测序,四天内产生结果弱阳性结果或混合Sanger排序结果提交下一代排序
算法可用性如下:
变迁
specimen源码需要
| 问题ID | 描述性 | 答案解析 |
|---|---|---|
| Q00M0078 | specimen源码 |
新鲜组织优于固定式仿真组织
仅提交下列标本中的 1
首选示例类型 :
特征类型 :新鲜组织或活检
出处:通常不育组织骨髓、淋巴结、联结、心门、脑部、内脏、器官、肺部、前列腺
容器/图贝:静态容器
样本量 :整件集合或5mm(3)-约铅笔擦除器大小
集合指令 :
开工收集新鲜组织标本
二叉只提交组织,不向组织添加流水
3级冷冻标本
特征稳定信息冻结 <14天/冷冻 <14天
替代样板类型 :
偏向式组合组织块
用品:组织块容器(T553)
特征类型 :定型绑定组织块
出处:通常不育或深组织等骨、淋巴节点、联结、心门、脑、内脏、器官、肺、前列腺
容器/图贝:组织块
集合指令 :提交正则嵌入式组织块分割并返回
特征稳定信息Ambient (preferred)/Refrigerated
可接受性:寄存式组织块
特征类型 :段(scrolls)FFPE组织块
出处:通常不育或深组织等骨、淋巴节点、联结、心门、脑、内脏、器官、肺、前列腺
容器/图贝:静态容器单切段
集合指令 :执行微切片并准备五分10微分每一段(缩放器)必须放入单独的无菌容器提交
特征稳定信息Ambient (preferred)/Refrigerated
特征类型 :流水线
出处:通常不育体液,如脑骨架、振荡式幽默、胸膜、腹膜、腹膜、腹膜、腹膜、阿斯氏物、心前科、骨盆、先发制人
容器/图贝:破锁无菌容器
样本量 :1 ml
集合指令 :
开工收集新流体样本
二叉冷冻标本
特征稳定信息冻结 <14天/冷冻 <14天
特征类型 :协同化流水体
容器/图贝:
首选 :红顶或无菌容器
可接受性:悬浮顶部(EDTA)、粉红色顶部(EDTA)、皇家蓝顶部(EDTA)或无菌小瓶内含EDTA派生aliquot
样本量 :1 ml
集合指令 :原生管样寄送
特征稳定信息冷冻 <14天/冷冻<14天
非电子排序完整打印发送微生物测试请求T244标本
流水线:0.5m
新鲜组织或活检5毫米
折叠组织块:2至10微分块
| 甲状腺素组织、甲状腺素组织、乙酮组织或任何其他流体骨髓分解骨片 | 拒绝 |
| 特征类型 | 温度学 | 时间轴 | 专用容器 |
|---|---|---|---|
| 变迁 | 变迁 | ||
检测并识别细菌(包括近效菌)正常无菌源,包括新流水体液如胸膜液、腹膜液和腹膜液和新式固定对称组织
本测试不推荐测试解药,因为核酸在成功处理后可能持续较长时间
聚合物链反射测试为负数,不测序,测试结果为负数
如果PCR测试为阳性,则测序执行强正结果先提交Sanger测序,四天内产生结果弱阳性结果或混合Sanger排序结果提交下一代排序
算法可用性如下:
疑似细菌感染病人的培养物通常不育场可能无法提供细菌生长(包括线性生长)识别,原因是存在快速或慢生长的细菌或前代抗菌化疗聚合子链响应放大16S核子素RNA基因的一部分,继之以放大产物排序,可用于检测在这种情况下的细菌(包括线性核酸)并进行诊断接受测试的静态源可能有多种细菌或单菌类中16S RRNA基因复制变异,混淆Sanger排序分析下一代排序在这种情况下可能有用理想试样指那些通过显微镜可视化细菌(包括 mycocactria)心动动脉由内心炎呈阳性Gram染色
未检测出细菌式脱氧核糖核酸
广程聚合物链反射/排序结果显示检测到指定生物的细菌核酸,这可能是由细菌感染或环境或污染试样核酸所致。
负广度PCR/序列结果显示样本中不存在可检测细菌(包括线性核酸),但不排除误差结果,这些结果可能因采样误差、序序变原素底部、数量小于检测限值的细菌核酸的存在或PCR抑制而发生PCR测试似为负值但有证明PCR抑制作用时,将重复测试如果再次检测抑制效果,结果报告为 "PCR抑制礼物
本测试不检测非生物体(例如病毒、真菌、轮廓素、原生生物),但确检测 mycocacteria
假阳性结果理论上是可能的,如果病人标本受细菌核酸污染或来自环境或病人微生物(如皮肤微生物污染)。
测试验证正常无菌源
推延式排序,特别是下一代排序,可能与延长回转时间相关联,接近或可能超过公布的实验室最长时间(28天)。
130个阳性病人样本可供精度研究使用,这些样本与培养结果、生物聚合物链反应或前广程细菌复数测序相关此外,Sanger前次序列测试中的63个负样本用于验证工作。所有样本都用Sanger和下一代排序技术测试,帮助解决Sanger质量差结果并识别某些样本多行性使用验证标准敏感度99% 特性97%由于缺乏临床阳性样本,某些样本加增克-阴性或克-阳性细菌测试显示百分百与悬浮材料预期结果相关
检测限值小于65聚积单位乘PCR响应strepcoccus高压解析并esherichia大肠杆菌进复元负新组织,代谢流水,formalin-fixed, paraffin-embedded组织体液 体液 脑脊液
使用由病毒、真菌和寄生生物十大核酸提取物组成板测试特性未观察到生物交互性
兼容性研究通过放大42组脱氧核糖核酸样本进行,这些样本代表各种类型细菌(包括 mycocactria),预计样本类型中将出现,为本分析所接受。Sanger和NGS都检测并正确识别所有细菌和新生物
附加研究15个原仅定性为多片显示NGS检测和辨别多片报告能力实验段主管负责报告多轴结果
开工Kemedal O,SimmonK,KaracaD,LangelandN,WikerHG双延子核核素化广度放大16S RRNA基因直接取自人体实验标本JClin微生物2012;50(4):1289-1294.doi:101128/JCM.06269-11
二叉Gomez E,Cazanave C,Cunningham SA等假联合感染诊断使用广距离PCR从膝盖和臀部节肢表层脱位JClin微生物2012;50(11):3501-3508
3级VirkA,PrittB,PatelR等mycoctiumlepromatisce出因分解2017;23(11):1864-1866.i:10.321/eid2311.171104
4级利斯曼RMPrittBS MalesszewskiJJPTERR实验室诊断传染性内心炎JClin微生物2017;55(9):2599-2608.doi:101128/JCM.00635-17
5级RamakrishnaJM、LibertinCR、YangJN、DiazMA、NengueAL、PatelR16SRNAGenePCR/序列脑脊液诊断存取微生物学2020;2(2):acmii.0.000100
测试使用样本处理、脱氧核糖核酸提取和聚合物链反应目标V1-V3区域变异性允许分类报告放大脱氧核糖核酸排序以识别源机体如果PCR为负值,则不执行排序PCR阻抗用二分PCR反应检测,对lightCycler执行放大红工测序识别仅使用400双或多基数(前向和逆向可用数据)的高质量共识序列如果序列数据无法用Sanger排序解释,则执行下一代排序质量滤波为NGS执行,分析中仅使用100X覆盖结果正面和负控件在所有流程中使用,以确保检测性能序列质量(specimen评分)和生物识别数据分析由protogenixripseq软件完成
星期一至星期五
测试开发完成,性能特征由maioClinic以符合CLIA要求的方式确定测试未经美国食品药管局审核或批准
87801-BroadRiodlicalPCR和序号
87798-Bactical标识分级(适当时)
87798-spectimen识别PCR
87798-Ide
87483-Meningitis脑炎板块PCR
| 测试i | 测试顺序名 | 指令LOINC值 |
|---|---|---|
| BRBPS系统 | 广域细菌PCR+序列 | 76575-0 |
| 结果Id | 测试结果名 | 结果LOINC值
仅适用于执行实验室最初报告的单位计量结果值并不适用于转换为其他度量单位的结果
|
|---|---|---|
| BRBPS系统 | 广域细菌PCR+序列 | 76575-0 |